Microbiote intestinal des porcs et poulets : comprendre l'impact de bactéries pathogènes pour la santé humaine
La présence de certaines bactéries ou produits chimiques peut moduler le microbiote intestinal des porcs et des poulets. L’étude de ces facteurs pourrait aider à lutter dès l’élevage contre des microorganismes pathogènes pour l’être humain, comme Campylobacter et Salmonella.
Les microorganismes colonisant le système digestif ont des effets avérés sur la santé de leur hôte. Cependant, les facteurs modulant le microbiote restent méconnus. L’Anses a participé au projet RIMICIA (Review Impact MICrobiome In Assessment), financé par l’Efsa (Autorité européenne de sécurité des aliments). Le but de ce projet était d’identifier les paramètres pouvant être pris en compte pour inclure le microbiote dans l’évaluation des risques pour la santé animale et humaine. Les scientifiques du laboratoire de Ploufragan-Plouzané-Niort de l’Anses ont mené les recherches en santé animale, tandis que le Conseil supérieur de la recherche scientifique espagnol s’est occupé du volet santé humaine.
Nutriments, produits chimiques, additifs alimentaires, présence de microorganismes : les scientifiques ont d’abord exploré la littérature scientifique pour recenser les facteurs modulant le microbiote qui ont déjà été mis en évidence par des recherches précédentes. Ils se sont ensuite concentrés sur certains facteurs qui méritaient d’être approfondis par des recherches complémentaires.
Influence de Salmonella et Campylobacter sur le microbiote des poulets
« Grâce à la revue de la littérature, nous avons vu que la présence de certains microorganismes module la composition du microbiote intestinal chez les poulets, révèle Marianne Chemaly, cheffe de l’unité Hygiène et qualité des produits avicoles et porcins à l’Anses. Nous avons donc focalisé la suite du projet sur l’étude de l’impact de la présence de Campylobacter et de Salmonella sur le microbiote du poulet. Ces deux bactéries, qui sont responsables des principales maladies d’origine alimentaire en Europe, contaminent les êtres humains lors des manipulations en cuisine ou en cas de cuisson insuffisante des aliments. Elles sont pathogènes pour l’être humain mais pas pour les animaux. »
Après avoir inoculé l’une des deux bactéries ou les deux en même temps à des poulets, les scientifiques ont observé que la présence de Campylobacter influence peu la composition du microbiote. En revanche la présence de Salmonella diminue la richesse et la diversité du microbiote intestinal, sans que cela ait un effet observable sur la santé des animaux.
Augmentation de la quantité de bactéries en cas de co-infection
Quand les deux bactéries sont présentes simultanément, cela a peu d’effet sur le microbiote. Par contre, la co-infection par Salmonella et Campylobacter augmente la quantité de ces deux bactéries dans l’intestin, par rapport à la situation où chacune d’elle est seule. « Comme la probabilité que ces bactéries contaminent la viande est proportionnelle à leur quantité dans l’intestin des animaux, cela augmente le risque pour la santé humaine » explique la scientifique.
Une mycotoxine associée à Salmonella ralentit la croissance des porcs
D’après la littérature scientifique, l’un des facteurs influençant significativement le microbiote intestinal des porcs est la présence de la mycotoxine deoxynivalenol (DON). Cette toxine produite par un champignon peut contaminer l’alimentation de ces animaux. Les scientifiques du projet RIMICIA ont mené des recherches pour compléter les données sur l’effet de cette mycotoxine et savoir si elle favorise la prolifération de salmonelles. Ils ont pour cela ajouté du DON à l’alimentation des porcs et ont inoculé des salmonelles à certains d’entre eux. Si le DON ne modifiait pas la quantité de salmonelles dans l’intestin des porcs à la fin de l’expérience, ceux ayant reçu à la fois du DON et des salmonelles avaient un poids inférieur par rapport aux autres, alors qu’ils avaient consommé la même quantité de nourriture. L’effet du DON sur le microbiote intestinal différait selon les individus ; cette variabilité nécessite d’être étudiée plus en détail pour être expliquée.
D’autres recherches, notamment sur le lien entre le bien-être des animaux et le microbiote intestinal, ont été menées au cours de ce projet. Les résultats devraient être publiés dans les prochains mois.